Бердников родился 8 апреля 1953 года в городе Горно-Алтайске. В 1986 году окончил Алтайский государственный университет. В 1973-1974 годах - станочник мебельной фабрики в городе Горно-Алтайске.

В 1974-1976 годах - милиционер, участковый инспектор ОВД Горно-Алтайского горисполкома.

С 1976 по 1980 год - старший инспектор уголовного розыска, начальник отделения уголовного розыска ОВД Горно-Алтайского горисполкома. С 1980 по 1982 год - старший инспектор по особо важным делам управления уголовного розыска УВД Алтайского края, заместитель начальника отдела по борьбе с преступлениями против личности управления уголовного розыска УВД Алтайского края.

В 1983-1990 годах - начальник ОВД Майминского райисполкома Горно-Алтайской автономной области. В 1990-1991 годах - заместитель начальника УВД Горно-Алтайского облисполкома. В 1991-1992 годах - первый заместитель министра, начальник службы криминальной полиции МВД Республики Алтай. С 1993 года - министр внутренних дел Республики Алтай.

С 14 октября 2002 года - главный федеральный инспектор в Алтайском крае. С 29 октября 2002 года - главный федеральный инспектор в Республике Алтай и Алтайском крае территориального управления аппарата полномочного представителя президента РФ в Сибирском федеральном округе. С 6 марта 2003 года - главный федеральный инспектор в Алтайском крае территориального управления аппарата полномочного представителя президента в Сибирском федеральном округе.

22 декабря 2005 года Бердников утвержден главой Республики Алтай. Возглавляет правительство Республики Алтай и руководит его работой.