Сейчас Глазьев занимает пост заместителя генерального секретаря Евразийского экономического сообщества, а также работает в должности ответственного секретаря комиссии Таможенного союза.
В период президентской кампании 2012 года Сергей Глазьев был доверенным лицом Владимира Путина, который в итоге победил на выборах.
Ранее Сергей Глазьев неоднократно критиковал политический курс Владимира Путина. В частности, его недовольство вызвало решение президента в 2005 году отменить выборы губернаторов. В 2007 году он указывал на то, что выборы не вляют на политику, а курируются из кремлевской администрации. Тогда же он принял решение уйти из политики.
В 2006 году Сергей Глазьев принимал участие в оппозиционной конференции "Другая Россия", а затем некоторое время в постоянных совещаниях этой коалиции. Впрочем, он быстро ее покинул, сославшись на то, что его не устраивают либеральные взгляды Михаила Касьянова.
