По официальной версии, судно перевозило лес и было захвачено пиратами, которые затем потребовали выкуп, но были обезврежены. Однако из Тель-Авива и Москвы поступают сведения, что в трюмах Arctic Sea находились ракетные комплексы C-300. Они якобы были загружены туда во время ремонта в порту Калининграда по инициативе неких отставных военных, имеющих связи в преступном мире.
Как рассказал The Sunday Times источник в российских военных кругах, люди, близкие к расследованию, подтверждают факт вмешательства "Моссада". Нанятые израильской разведкой пираты, вероятно, не подозревали, какой груз находится на судне. По мнению собеседника газеты, целью операции было "раздуть шумиху вокруг корабля", чтобы сорвать доставку груза в Иран. При этом Кремлю позволили провести "блестящую спасательную операцию" и тем самым сохранить лицо.
Предположение о тайных перевозках оружия ранее высказывал адмирал Тармо Кыутс, бывший командующий ВС Эстонии. Сторонники этой версии указывают и на то, что на следующий день после освобождения Arctic Sea в Москву на переговоры с президентом РФ Дмитрием Медведевым прилетал его израильский коллега Шимон Перес.
Успешная доставка С-300 в Иран означала бы существенное укрепление его ПВО, полагает источник The Sunday Times в ВВС Израиля, и в случае удара по иранским ядерным объектам израильтяне понесли бы на 50% большие потери.
