Конфликт между налоговой милицией Севастополя и Минобороны России разгорелся вокруг «13 судоремонтного завода Черноморского флота». Российские моряки в Административном суде Севастополя оспорили решение городских налоговиков, которые настаивали на том, что судоремонтное предприятие нарушило закон «О налоге на добавленную стоимость».

В частности в октябре-ноябре 2009 года налоговая милиция Нахимовского района Севастополя провела проверку «13 судоремонтного завода Черноморского флота». Налоговики проверяли деятельность предприятия за период с апреля 2008 года по октябрь 2009-го. В итоге ведомство установило, что российские собственники предприятия недоплатили в качестве налога на добавленную стоимость 11,5 млн. грн. В результате заводу выставили счет: 11,5 млн. грн. в качестве основного долга, и еще 11,5 млн. грн. в качестве штрафа. В общем получилось 23 млн. грн.

Представители «13 судоремонтного завода Черноморского флота» решили, что подсчеты налоговой не законны и подали иск в суд. В исковом заявлении представители предприятия отметили, что ремонт судов происходил на территории военных кораблей, которые являются территорией России, хотя и расположены в украинской акватории. А, следовательно, завод не обязан был платить налог на добавленную стоимость.

В свою очередь суд признал, что военные корабли иностранного государства, в данном случае России, не являются частью территории Украины, в том числе и таможенной, а сохраняют статус территории государства, под флагом которого они находятся. И, следовательно, претензии украинских налоговиков к российскому Черноморскому флоту безосновательны. В итоге в сентябре этого года Окружной административный суд Севастополя вынес решение в пользу «13 судоремонтного завода» и отменил решение севастопольских налоговиков.