Согласно Положению, на заседаниях члены Совета председательствуют поочередно. Ротация председателя от заседания к заседанию позволяет распределить между членами Совета ответственность за организацию работы Секретариата и текущую координацию усилий конфессий в период между заседаниями. Конфессия, которая принимает председательство в ВСЦиРО, обеспечивает также созыв и организационно-техническое обеспечение заседаний Секретариата по мере их необходимости.
Уникальность Всеукраинского Совета Церквей и религиозных организаций заключается не только в том, что он способствует межконфессиональному миру в стране. Совет является успешным примером самоорганизации и объединения усилий религиозных организаций, как институтов гражданского общества, в построении диалога с государством на партнерских началах. Формирование общей позиции и стремление к консолидированным действиям в вопросах, которые волнуют представителей разных конфессий, значительно усиливают голос религиозного сообщества в обществе и в отношениях с органами власти.
