Указ о его назначении подписал президент Узбекистана Ислам Каримов. Согласно указу, Ганиев в правительстве будет также занимать пост вице-премьера.
В прошлом Элер Ганиев уже работал в должности главы МИДа (в 2005-2006 годы). До этого он руководил агентством по внешнеэкономическим связям.
С 2006 по 2010 годы министром иностранных дел Узбекистана был Владимир Норов. Теперь по решению президента он понижен в должности и назначен первым заместителем главы МИДа.