Он был арестован в восточном штате Веракрус.
Президент Мексики Фелипе Кальдерон заявил, что Эрнандес был включен в список 37 самых разыскиваемых преступников в стране.
Власти ранее назначили награду в 1,2 млн долларов за информацию о его местонахождении.
Более 45 тысяч человек погибли в Мексике с 2006 года в результате объявленной Кальдероном войны с наркокартелями, для ведения которой президент санкционировал использование армии.