Адвокаты Баязитова утверждают, что прямых доказательств его вины не было. Два свидетеля, якобы видевших Баязитова и Кота вместе в день убийства, несколько дней спустя отказались от своих показаний. Они заявили, что дали их под давлением. При рассмотрении дела в суде не учитывались показания знакомых студента, которые подтверждали непричастность Баязитова к убийству.
Несмотря на это, как сообщают новосибирские СМИ, в 2006 году суд приговорил Баязитова к 12 годам колонии строгого режима. После приговора в Новосибирске было проведено несколько пикетов в поддержку Баязитова, выпускника физматшколы при Новосибирском госуниверситете и студента Нового Сибирского института.
Кассационная инстанция Новосибирского суда позднее отменила приговор и вернула дело Баязитова следователям. В конце 2007 года Баязитова выпустили из СИЗО под подписку о невыезде. К этому времени его отчислили из университета, а просроченный казахский паспорт он не мог восстановить, находясь в России. В 2009 году суд вынес решение о его непричастности к убийству. Баязитов с отличием закончил Новый Сибирский институт, а в 2012 году, восстановив паспорт, подал иск с требованием компенсации.
Убийство Ивана Кота остается нераскрытым.
