Новым командующим объединенными силами Барак Обама выдвинул кандидатуру Аллена в октябре 2012 года, однако ее утверждение в Сенате было отложено из-за получившей огласку переписки генерала с одной из фигуранток секс-скандала с участием шефа ЦРУ Дэвида Петреуса. Переписку признали "потенциально неуместной", и Аллен стал фигурантом внутреннего расследования, проводимого Пентагоном.
В середине января по итогам проверки с Аллена были сняты все подозрения, а спустя месяц он объявил о том, что оставляет военную службу. При этом Аллен подчеркивал, что его решение не было связано с расследованием.