Судья Виктор Данилкин заявил, что не видит оснований для отвода прокуроров. Дмитрий Шохин сказал, что не считает себя лично заинтересованным в исходе дела, а Валерий Лахтин добавил, что действует на основании оценки собранных по делу доказательств.
С просьбой отстранить Шохина и Лахтина защита Ходорковского и Лебедева выступила в ходе заседания 23 апреля. Михаил Ходорковский поддержал ходатайство, заявив, что прокуроры относятся к нему предвзято. Кроме того, обвиняемый сказал, что Лахтин должен проходить по этому делу свидетелем, и его следует удалить из зала суда до допроса.
В ходе предварительных слушаний в марте 2009 года сторона защиты дважды обращалась с просьбой отстранить Шохина и Лахтина, объясняя это тем, что прокуроры участвовали в процессе по первому уголовному делу в отношении руководителей "ЮКОСа". Тогда Ходорковский и Лебедев были признаны виновными в финансовых махинациях и уклонении от уплаты налогов и приговорены к девяти годам лишения свободы. Впоследствии срок сократили до восьми лет.
