По мнению налоговиков, руководство Эрмитажа необоснованно отнесло в статью расходов около 149 млн рублей и не заплатило с этой суммы налоги. В ФНС сомневаются, что в Эрмитаже деньги тратились только для служебных нужд. Они были потрачены и на поездки директора Эрмитажа Михаила Пиотровского и сотрудников музея в Милан, Лондон, Париж, Берлин и другие города на многочисленные музейные встречи и конференции.
В феврале 2009 года Эрмитаж выиграл дело в арбитражном суде, но ФНС подала апелляционную жалобу. Судебное заседание по этому вопросу назначено на 25 мая 2009 года.
При этом в Эрмитаже утверждают, что сумма налоговых претензий к музею составляет 741 тыс. рублей.
С Русского музея ФНС требует налогов и штрафов более чем на 7 млн рублей. Музей уже обратился в суд с заявлением о признании недействительным решения налогового органа, заявив ходатайство о приостановлении этого решения. Арбитражный суд согласился, что до рассмотрения дела забирать из бюджета музея деньги не следует. Когда представители Русского музея перед судом предстанут, пока неясно.
Многие музеи, с учетом повышения тарифов ЖКХ, начинали повышать цены на билеты. В конце марта президент Дмитрий Медведев поручил заморозить цены на билеты в музеи страны. По директиве Министерства культуры, сохранены льготы для инвалидов, участников войны, малоимущих и многодетных семей. Введен бесплатный вход для курсантов Суворовских и Нахимовских училищ, а также дотация для деятелей культуры, достигших 70 лет.