Программа фактически позволяет предсказывать, какую последовательность аминокислот должен иметь белок, чтобы при сворачивании он принял наперед заданную трехмерную конформацию.
Работа алгоритма состоит, в частности, в анализе множества уже известных структур и применении набора эмпирических правил.
Чтобы протестировать программу, ученые решили создать пять белков, которые не только не встречаются в природе, но и общий вид которых отличается от известных образцов.
Сначала алгоритм устанавливал аминокислотные последовательности-кандидаты, затем лучшие из них отбирали при помощи распределенных вычислений с привлечением волонтеров.
После этого искусственные белки синтезировали в бактериях, выделяли, очищали и отправляли на определение структуры. При этом те ученые, которым было поручено экспериментально установить структуру, ничего не знали о расчетной структуре.
Как оказалось, расчетные и экспериментально установленные трехмерные структуры практически не отличались друг от друга во всех пяти случаях.
Созданные таким способом белки называются идеальными в том смысле, что их последовательность формировалась не эволюционно, а структурным расчетом. Так, если последовательность натуральных белков определяется их функцией и во многом случайна, то у идеальных белков она зависит только от структуры.
Напомним, недавно ученые из Немецкого центра исследования рака обнаружили белок, который влияет на жизнеспособность опухолевых клеток.