По версии следствия, возглавлявший группировку экстремистов подросток, ранее судимый за вандализм на почве расовой ненависти, планировал поджечь не только синагогу, но и еврейский культурный центр, а также дом, принадлежащий сотруднику окружного центра МВД по противодействию экстремизму. Преступление планировалось совершить с помощью бутылок с зажигательной смесью, состоявшей из отработанного машинного масла, бензина и древесной стружки.
В ночь на 14 сентября 2009 года по указанию школьника Кравченко и Смоляков бросили несколько бутылок со смесью в здание синагоги, что привело к пожару. Ущерб от огня составил 170 тысяч рублей.
Школьник тем временем пытался поджечь дом милиционера, но ему это не удалось. Как сообщалось ранее на портале "Право.ru", брошенная бутылка задела ветки деревьев и упала во дворе, не попав в дом.
Вместе со школьником в поджоге принимал участие еще один молодой человек 18 лет. В сообщениях о начале судебного процесса от февраля 2011 года упоминалось о четырех подсудимых. Однако приговор был вынесен лишь трем экстремистам, а о судьбе четвертого - не сообщается.