Её работа с самого начала вызывала большие нарекания со стороны украинских и зарубежных правозащитников. После того как комиссию возглавил Василий Костицкий, поток обвинений возрос.
Моральную комиссию упрекали в нарушении Конституции, в том, что она, фактически легитимизировала цензуру под предлогом борьбы с насилием и порнографией. Помимо запрета фильмов “Бруно”, “Хостел” и “Пила”, НЭК сочла порнографической книгу Олеся Ульяненко “Женщина его мечты”. В ходе долгой тяжбы, закончившейся примирением сторон, писатель испытал два инсульта, в его смерти обвиняли именно Комиссию и лично Василия Костицкого.
Ликвидация НЭК была одинаково положительно воспринята журналистами, правозащитниками и деятелями культуры.