Аналитики опасаются, что власти Судана, несмотря на их публичные слова, могут сделать все возможное для восстановления территориальной целостности страны. Хартум, считают военные эксперты, способен на использование армии против жителей юга.
Референдум проводился в качестве реализации положений мирного договора 2005 года, который прекратил войну Севера и Юга Судана. За проведением референдума следили международные наблюдатели под руководством бывшего президента США Джимми Картера.