Роман Яковлев начал работать в системе Национального банка Украины с 1995 года. На протяжении 1999-2011 гг. возглавлял отдел, а впоследствии - управление кредитных и позиционных рисков ПАО "Донгорбанк". С 2011 года он занимал должность заместителя директора генерального департамента - директора департамента инспектирования банков генерального департамента банковского надзора Национального банка Украины.   

С 25 января 2013 года Яковлев - директор генерального департамента банковского надзора Национального банка Украины, член правления НБУ.