Изменения устанавливают особенности применения некоторых норм Бюджетного кодекса в 2009-2012 годах. Законопроектом, в частности, предлагается приостановить до 1 января 2013 года действие пункта, согласно которому средства Резервного фонда могут использоваться только для финансового обеспечения нефтегазового трансферта в случае недостаточности нефтегазовых доходов. Согласно предложенным изменениям, эти средства в 2010-2012 годах могут использоваться для обеспечения сбалансированности федерального бюджета.

Кроме того, ограничения по ненефтегазовому дефициту федерального бюджета в процентном отношении к ВВП (не более 4,7% прогнозируемого в соответствующем финансовом году валового внутреннего продукта) предлагается отложить до 1 января 2013 года.

Согласно законопроекту, положения закона о бюджете, относящиеся к плановому периоду, равно как и среднесрочные бюджеты внебюджетных фондов, могут быть признаны утратившими силу при принятии соответствующего федерального закона.

При этом устанавливается, что закон о федеральном бюджете может быть принят без представления уточненного прогноза социально-экономического развития в плановом периоде при внесении законопроекта.

Поправками расширяется возможность предоставления дотаций из региональных бюджетов на обеспечение сбалансированности местных бюджетов.

Вводится возможность привлечения дополнительных доходных источников, таких, как возврат в федеральный бюджет субсидий, предоставленных в виде имущественного взноса РФ государственным корпорациям «Фонд содействия реформированию жилищно-коммунального хозяйства» и «Российская корпорация нанотехнологий».

Законопроектом также предусматриваются поправки в Таможенный кодекс, которые предлагают перечислять таможенные платежи напрямую в федеральный бюджет, минуя счета таможенных органов. При этом обязанность по уплате таможенных платежей может быть исполнена исключительно в валюте РФ.